К этому этапу относится уникальный комплекс для литья колоколов: формовочно-литейная яма и часть плавильной печи, в 1720-е гг. заполненная рельефными полихромными изразцами. Аналоги известны в Европе (Литва Германия, Италия) с XI в., но для России это инженерное сооружение пока уникально.
Следы бесчисленных паломничеств рисуют евлогии (благословения): части трехстворчатого литого складня и резного перламутрового креста (из Палестины ?), медальон с иконой Воскресения. Наборы печных изразцов XVII – раннего XVIII вв. исключительно разнообразны и включают все известные науке типы, от простейших терракотовых «красных» до расписных плоских, а также ряд неизвестных в остальной России.
Специальные исследования почвы, радиокарбонный анализ, дендрохролология определяют палеоландшафт и гидросистему Русской Палестины, природную среду, в которой создавался монастырь. На монастырском холме открыты и следы гораздо более древних памятников: поселения финала бронзового века (керамика, следы производства каменных боевых топоров, цельнобронзовый кинжал – уникальный в лесной полосе Европейской России) и финно-угорского могильника (подвеска-конек; серьга-сюльгама, витой браслет).
Исследования в Новом Иерусалиме рисуют церковную культуру зарождающейся современной России так глубоко, живо и подробно, как никогда ранее. Она видится теперь одной из ранних попыток модернизации страны, которые в ближайшем будущем обеспечат цивилизационный прорыв Петра Великого.
