Усадьба исчезает на рубеже XV–XVI вв. В начале XVI в. здесь находилась мастерская по изготовлению терракотовых половых плиток, что было, вероятно, связано с нуждами хозяйства ростовских архиепископов, а затем существовали отдельные хозяйственные строения. В самом начале XVII в. был сооружен дренажный колодец с отходящими от него долблеными деревянными трубами, обмотанными берестой. Учитывая сложившуюся на протяжении XVI–XVII вв. традицию хозяйственного использования исследованного участка, в дальнейшем продолженную строительством Конюшенного двора, можно полагать, что по крайней мере с начала XVI в. эта территория принадлежала Ростовскому архиерейскому дому, существование которого на протяжении столетий определяло значение города как крупного религиозного центра. Ростовская епархия являлась старейшей в Северо-Восточной Руси. По легенде, отраженной в летописных сводах XVI в., первая деревянная церковь Успения Богородицы, сгоревшая в пожаре 1160 г., была построена в 991 г. Археологические исследования в Успенском соборе показали, что время ее создания относится к середине XI в. Современный Успенский собор, построенный около 1510 г., единственный сохранившийся в Ростове памятник архитектуры своего времени, является также уникальным археологическим объектом. В основании периметра его стен сохранились остатки кладок двух предшествующих белокаменных храмов XII и XIII вв. и сохранились следы пожара, уничтожившего упомянутую первую церковь.
