Эти изменения мешают воспринимать и представлять первоначальный облик древнейшего храма Северо-Восточной Руси. Но старые формы храма хорошо сохранились в западной части, где нижняя часть столбов, своды под хорами и сами хоры сохранились почти на всю первоначальную высоту.
Раскопки в Кидекше имеют давнюю историю: здесь, вокруг храма, в середине XIX в. копал знаменитый археолог граф А.С. Уваров, в дальнейшем площадку поселения исследовали В.В. Седов, П.А. Раппопорт, Т.А. Чукова и С.В. Шполянский, а древний храм изучался археологически Н.Н. Ворониным, А.Д. Варгановым, Н.П. Сычевым и В.П. Глазовым. В 2011–2012 гг. в храме Бориса и Глеба отряд Суздальской археологической экспедиции Института археологии РАН, руководимой академиком РАН Н.А. Макаровым, провел архитектурно-археологические исследования, которые принесли обширный новый материал по стратиграфии памятника, его первоначальной планировке, устройству и украшению его интерьера в период строительства и при позднейших доделках и переделках. Этот материал еще предстоит тщательно систематизировать и обобщить, сейчас же мы сообщаем основные полученные сведения и первичные обобщения этого обширнейшего материала.
Перед началом исследований 2011 г., носивших охранный характер (в храме предполагалось сделать воздушное отопление), на всей площади храма был снят пол XVIII–XIX вв. Раскопки в интерьере церкви Бориса и Глеба велись траншеями, предназначенными для закладки коробов воздуховодов. В некоторых местах, где были открыты древние конструкции, были сделаны расширения, превратившиеся в довольно большие участки раскопок.
В средней абсиде храма Бориса и Глеба еще в 1940-е гг. Н.П. Сычевым был открыт белокаменный синтрон (горнего места) с основанием епископского трона в середине.
