Эти исследования были начаты Центром археологических исследований г.  Москвы под руководством А.Г.  Векслера (работы 1994–1998  гг. на селище Мякинино-2) и продолжены в 2002–2006  гг. Подмосковной экспедицией Отдела охранных раскопок (нач. экспедиции А.В.  Энговатова), которой были изучены все сохранившиеся участки селищ Мякинино-1, Мякинино-2, Мякинино-3, Мякинино-5 и Мякининских курганов. При этом на селищах Мякинино-1 и Мякинино-2 были изучены рекордно большие площади (около 10 000 кв.м на каждом из памятников), а на Мякининском курганном могильнике – 25 насыпей с 30 погребениями (или их остатками в тех курганах, которые были разрушены кладоискателями и мародерами).

Центральным и самым важным памятником среди исследованных Подмосковной экспедицией в Мякининском археологическом комплексе стало селище Мякинино-1, которое удалось изучить практически полностью – на площади 10153 кв.м. (часть площадки селища была уничтожена оползнями берега Москвы-реки и строительными работами прошлых лет). В результате на сегодняшний день этот памятник является наиболее полно исследованным в европейской части России сельским поселением русского средневековья, датирующимся в интервале от середины XII в. до второй половины XV в. Уникальность этого поселения состоит также в том, что оно раскапывалось одновременно с принадлежавшим ему курганным могильником середины XII – первой половины XIII в.

Раскопки селища Мякинино 1.