Именно тогда Рубленый город сформировался в границах, известных по документам первой половины XVII в. Во вновь отстроенном и расширенном кремле князь устраивает резиденцию – княжеский двор, упоминаемый под 1215 г., а в следующем году на левом берегу Которосли им основывается Спасо-Преображенский монастырь.
Уникальными можно назвать результаты археологических работ в Ярославле, в ходе которых были открыты неизвестные подробности похода монголов на Русь зимой 1238/39 гг. Среди городов, покоренных монголо-татарами в конце 1237 – начале 1238 г., в письменных источниках назван и Ярославль. Но пал ли он в результате штурма, или открыл ворота захватчикам, летопись не сообщает. Открытые в ходе работ слои XIII в. содержали многочисленные свидетельства разорения города. В частности, остатки трех построек первой половины XIII в., их ямы-подклеты содержали массовые захоронения, предположительно связанные с захватом Ярославля одним из отрядов войска Батыя. По заключению антропологов, смерть найденных здесь людей была насильственной: на костях фиксируются следы ударов в области шеи, лица, конечностей.
В ходе проведенных исследований 2004–2011 гг. в Ярославле был вскрыт культурный слой, который содержит бесценную информацию о быте средневекового города. Благодаря его сохранности можно представить, как выглядели его жители, какую одежду носили, в каких домах жили, чем болели, что выращивали и чем питались, с кем торговали, каков был уровень развития производства. Для реконструкции жизни средневекового города ставилась задача комплексного изучения культурных отложений.
