Однако результаты расшифровки ядерной ДНК человека, сделанные по фаланге пальца из Денисовой пещеры (рис. 37) в том же Институте популяционной генетики, оказались неожиданными для археологов. Геном денисовца отклонился от эталонного генома человека 804 тыс. л.н., а денисовцев и неандертальцев – в среднем 640 тыс. л.н.
На основании исследования мтДНК отклонение денисовцев от современного человека произошло ок. 1 млн л.н., т.е. в два раза ранее, чем расхождение мтДНК неандертальца и человека современного типа.
Таким образом, общая предковая для денисовцев и неандертальцев популяция покинула Африку более 800 тыс. л.н. и расселилась на Ближнем Востоке. Около 600 тыс. л.н. с Ближнего Востока мигрировала часть популяции, которая могла стать предковой для Homo heidelbergensis.