В Денисовой пещере выделено 14 культуросодержащих слоев, в некоторых из них прослежено по нескольку горизонтов обитания (рис. 25). Наиболее древние находки, относящиеся, видимо, к позднеашельскому времени – раннему среднему палеолиту, зафиксированы в 22-ом слое – 282 ± 56 тыс. л.н. (РТЛ-548); культуросодержащие горизонты с 20-го по 12-й относятся к среднему палеолиту; слои 11-й и 9-й – верхнепалеолитические (рис. 26).
Во всех среднепалеолитических горизонтах прослеживается непрерывная эволюция каменной индустрии. Особенно важное значение имеют материалы из культурных горизонтов 18–12, которые относятся к хронологическому интервалу 90–50 тыс. л.н. Индустриальный комплекс из этих горизонтов включает среднепалеолитические изделия с близкими техническими и типологическими показателями. Различие материалов культуросодержащих горизонтов по процентному соотношению представленных в них технологических приемов первичной и вторичной обработки орудий и их типологических форм невелико и свидетельствует не о смене ранее сложившегося единства, а об эволюции индустрии, обусловленной сменой адаптационных стратегий в связи с изменением экологических условий.
Первичное расщепление характеризуется радиальной, леваллуазской параллельного принципа технологиями. В культуросодержащих горизонтах снизу вверх растет доля нуклеусов, свидетельствующих о применении системы параллельного снятия пластин и пластинчатых заготовок и оформлении на них орудий.