Имевшиеся к тому времени каталог Кунсткамеры и Библиотеки, а также рисунки экспонатов давали возможность вместо утраченных или пострадавших во время пожара предметов приобрести такие же точно или подобные. Так, в 1752 г. в Амстердаме при распродаже второго собрания натуралий Альберта Себы для Кунсткамеры были куплены чучела животных для восстановления зоологической коллекции.
Из «художественных» собраний больше всего пострадали китайские коллекции и этнографические вещи, привезенные из Сибири. В 1753 г. отправлявшийся в Китай академический лекарь Франц Лука Елачич получил задание приобрести для музея большое собрание китайских предметов, для чего был не только составлен список необходимого, но и выполнены копии рисунков из «нарисованного музея» с изображением экспонатов китайской коллекции.
В 1761 г. списки утраченных предметов одежды, быта, верований народов России были разосланы по губерниям с императорским указом, по которому они должны приобретаться и отсылаться в Академию наук. По этому же указу предписывалось отстреливать редких птиц и животных также для Кунсткамеры. В Петербург из Сибирской губернской канцелярии стало поступать остяцкое, «самоядское», шаманское платье и т.д. В 1765 г. подобный указ последовал от Екатерины II для Архангельской, Оренбургской, Казанской, Иркутской, Сибирской губерний, но требовалось уже собирать минералы, растения, семена, изготавливать чучела животных, выискивать насекомых не только для восполнения музейных фондов, но все собранное прежде всего должно служить для «физического» описания Российской империи.
В 1768 г. Академия наук организовала свои экспедиции, которые работали до 1774 г. Эти экспедиции послужили своего рода возрождению Кунсткамеры как научного музея, фонды которого уже не просто восстанавливались после пожара, а пополнялись новыми коллекциями, служившими развитию таких наук, как минералогия, зоология, ботаника, этнография.
