В коллекции Зоологического института представлено около 1000 тушек птиц с этикетками, где указано имя Лангсдорфа, – многие виды птиц представлены хорошими сериями. Историк этой коллекции Р.Л. Потапов утверждает, что сохранилось гораздо больше экземпляров, но многие тушки в разное время утратили оригинальные этикетки, поэтому «их происхождение, почти наверное связанное с экспедицией академика Лангсдорфа, к сожалению, не может быть подтверждено документально» (104).
Более половины всех южноамериканских птиц, которые сегодня экспонируются в витринах музея, было собрано экспедицией Лангсдорфа, и многим из них до сих пор нет равной замены. Уникальны экземпляры таких экзотических птиц, как солнечная цапля, королевский гриф, исполинский аист-ябиру и др.
Проблемным является вопрос о полноте сохранившихся ихтиологических сборов Лангсдорфа. В коллекциях Зоологического института обнаружено немногим более 30 видов пресноводных и 15 видов морских рыб, которые имеют этикетки «Лангсдорф», «Ридель», «Менетрие» или «Бразилия». Между тем на рисунках художников экспедиции изображены пресноводные и морские рыбы Бразилии почти 40 видов, многие из которых в коллекциях института сегодня не представлены. По мнению современных исследователей, «во время организации Зоологического музея рыбы из сборов Лангсдорфа не составляли единой коллекции и отбирались из запасников Кунсткамеры постепенно, поэтому многие спиртовые экспонаты могли погибнуть» (105). Серьезный урон был нанесен коллекциям во время наводнения 1924 г., а затем в годы блокады Ленинграда. Значительная часть ихтиологических сборов экспедиции в настоящее время утрачена.
Энтомологические коллекции были весьма обширны. Только одна коллекция, присланная в 1821 г., насчитывала более 6000 экземпляров. В конце того же года дополнительно поступила огромная коллекция бабочек.
