В этот же день он пишет письмо М.И. Воронцову с просьбой поддержать его просьбу об отставке и назначении ему пенсии: «Все мои будущие и бывшие рачения тщетны. Бороться больше не могу; будет с меня и одного неприятеля, то есть недужливой старости (95). Больше ничего не желаю, ни власти, ни правления, но вовсе отставлен быть от службы, для чего сегодня об отставке подал я челобитную его сиятельству Академии Наук г. президенту и о награждении пенсиею для прокормления до смерти и с повышением ранга против тех, коими обойден» (96). Прошение Ломоносова было принято 2 мая 1763 г., но почти сразу же, 13 мая, и отменено. Ломоносову дали чин статского советника, повысили годовое жалованье. Но в Академии ничего не изменилось. Тяжело больной, в феврале–марте 1765 г. он набрасывает план беседы с Екатериной II (97), где пишет: «Multa tacui, multa pertuli, multa concessi [Многое принял молча, многое снес, во многом уступил. – Н.К.]». «За то терплю, – пишет здесь же Ломоносов, – что стараюсь защитить труды П[етра] В[еликого], чтобы выучились россияне, чтобы показали свое достоинство». На том же листе рядом начертил Ломоносов план дельты Северной Двины (98) с ее притоками и островами. О чем он думал, зарисовывая контуры родной реки, записывая: «Нет нигде места и в чужих краях»? Но оставалась вера в будущее: «Я не тужу о смерти: пожил, потерпел и знаю, что обо мне дети отечества пожалеют».
Главную причину тяжелого положения Ломоносов видел в непрофессиональном управлении – Академией наук должны управлять ученые, но застарелая болезнь – «шумахерщина» – осталась в Академии и после смерти советника Канцелярии. Академия не должна быть отягощена заботами и работой, направленной на получение «барышей», отвлекающих академиков от их истинных задач, потому что она должна содержаться на казенный счет.