Особое место во всех записках М.В. Ломоносова о преобразованиях в Академии занимает Канцелярия, ставшая под руководством советника И.Д. Шумахера по статусу выше Академического собрания, хотя «состояла из людей полуобразованных (это, увы, утверждено уставом), которые распоряжались людьми ученейшими». «Особенно позорно то, – продолжал Ломоносов, – что невежественные делопроизводители Канцелярии, едва умеющие писать по-русски, дерзают притязать на право голоса в заседаниях этого учреждения» (75). Иначе в европейских академиях, где «собрание академиков само себе судья. Никакой посторонний, полуобразованный посредник не допускается до разбора ученых споров. Приходя за получением просимого, не дожидаются у канцелярского порога разрешения войти. Профессоры не ждут выплаты жалованья и не вымаливают его у невежд, которые поглядывают на них свысока и пугают отказом» (76). Для Ломоносова совершенно очевидно, что Канцелярия не нужна Академии наук, мешает ей, и «должна быть изринута из подлинного дома науки». И.Э. Фишер предлагал Ломоносову в качестве довода о ликвидации Канцелярии использовать тот факт, что «1) нигде на свете во главе академии наук не стоит канцелярия; 2) Петр Великий, положивший основание Академии, совсем не упоминал о Канцелярии; он счел бы чудовищным положение, при котором то, что учреждено ради чего-либо другого, имеет большую власть, чем то, ради чего оно возникло». Ломоносов отвечал, что «молчание Петра Великого не упраздняет Канцелярии, а императрица Елизавета на деле учредила ее. Поэтому одни только жалобы имеют вес и способны повести к отстранению Канцелярии от участия в академических делах» (77).
