Но ещё раньше имя несломленного шлиссельбуржца становится широко известным в научном мире России. С 1907 г. труды Морозова один за другим выходят в свет, поражая разносторонностью тем, широтой обобщений и глубиной прозрений узника-учёного, писавшего в отрыве от внешнего мира и имевшего далеко не полную информацию о научных событиях в нём. Первыми вышли в 1907 г. его «Периодические системы строения вещества (теория образования химических элементов)», где он обобщал идею системы химических элементов Менделеева, построив аналогичную периодическую систему для органического мира углеводородов. В качестве следствий он предсказал химический состав атмосфер планет-гигантов, существование инертных газов до открытия их на Земле. Высказав ещё более общую идею, что химические элементы эволюционируют в космосе и что таких «периодических систем» может быть бесконечное множество, он утверждал сложность состава атомов и в частности наличие в них двух видов частиц электричества: отрицательной («катодия», или «негатрона» – электрон) и положительных («анодия» – протон). Замечательным предвидением его оказалось утверждение о наибольшей распространенности в космосе самых простых элементов – Н и Не. Там же он размышлял о возможных механизмах синтеза более сложных химических элементов в космосе. Этот труд Морозова получил в дальнейшем высокую оценку академиков физиков, в том числе И.В. Курчатова. В следующем труде «Основы качественного физико-математического анализа» автор, используя свою широкую раннюю эрудицию в биологии и палеонтологии, претендовал на «открытие общих безусловных законов природы путём уже установленных наблюдений частных соотношений между различными факторами подобно тому, как по одному зубу животного можно начертить и всё остальное его тело». В 1909 г. вышли его «Начала векториальной алгебры» как «естественное развитие общей алгебры», написанные с целью приблизить высшую математику к лучшему пониманию её исследователями-естественниками. Его следующая книга по высшей математике «Функция» вызвала многочисленные отклики благодарных читателей, занимавшихся самообразованием.
Большой труд Морозова «Вселенная» широко и оригинально освещал интересовавшие его с ранних лет проблемы всемирного тяготения, движений небесных тел, роли Солнца в планетной системе, жизни и смерти звезд Галактики, проблемы других солнечных систем в ней.
Оптимизмом и твёрдым убеждением в силе науки и её роли в освоении вечно развивающейся и совершенствующейся Вселенной и самой жизни в ней проникнуты его многочисленные научно-популярные книги.
