24 ноября 1938 г. на заседании ИМЛИ им. А.М. Горького АН СССР было принято постановление о выдвижении кандидатуры писателя в действительные члены Академии наук, а 28 января 1939 г. он становится академиком.
В ряде журналов появляются русские сказки в обработке Толстого. Подключив к работе ленинградских и московских фольклористов, он продолжает активно работать над фольклорным сводом.
13 апреля 1939 г. на открытом заседании ИМЛИ АН СССР, посвященном 80-летию со дня рождения Шолом-Алейхема, в числе выступающих – председатель заседания академик А.Н. Толстой.
10 ноября 1939 г. Бюро отделения истории и философии АН СССР утвердило Толстого в составе Комиссии по истории русской культуры.
22 февраля 1940 г. решением Президиума АН СССР Толстой введен в состав редакционного совета «Словаря современного русского языка». «Я считаю, что нет принципиального различия между языком мышления, науки и языком литературы. До сих пор почему-то живет предубеждение, что язык художественной литературы непригоден для выражения серьезной мысли, для политической статьи, учебника, научного трактата, что для этих вещей нужен какой-то другой язык. Это ошибочное и вредное мнение. Есть единый русский язык, мощный, гибкий, богатый язык, которым мы до сих пор по-настоящему ещё не овладели...», – писал он.
В период Великой Отечественной войны А.Н. Толстой продолжает работу во многих комиссиях и редколлегиях АН. 27 июня 1941 г. он участвует в написании коллективного обращения академиков АН СССР к ученым всех стран: «Все, кому дорого культурное наследие тысячелетий, для кого священны высокие идеалы науки и гуманизма, должны положить все силы на то, чтобы безумный и опасный враг был уничтожен...»
В феврале 1942 г. Толстой завершает первую часть драматургической дилогии «Иван Грозный» «Орел и орлица». Вскоре была закончена и вторая часть дилогии – пьеса «Трудные годы».
На юбилейной сессии Академии наук в ноябре 1942 г. писатель делает доклад «Четверть века советской литературы», который впоследствии выйдет в печати отдельным изданием.
Будучи в эвакуации в Ташкенте, он продолжает фольклорные изыскания, становится членом Ученого совета Узбекского филиала Академии наук СССР; по просьбе Президента АН академика В.Л. Комарова делает обширный доклад о сохранении и продвижении науки и культуры в военное время; пишет статью памяти почетного академика И.А. Каблукова, умершего в Ташкенте в эвакуации.
