В 1967 году окончил Семипалатинский ветеринарный институт. В 1967-1969 гг. — главный ветеринарный врач совхоза (Северо-Казахстанская область), в 1969-1971 гг. — начальник туберкулезной экспедиции (там же), в 1971-1974 гг. — аспирант Алма-Атинского зооветеринарного института, в 1974-1977 гг. — главный ветеринарный врач совхоза в Северо-Казахстанской области. В 1977-1985 гг. — ассистент, старший преподаватель, доцент кафедры Семипалатинского зооветеринарного института. В 1985-2009 гг. — заместитель директора по научной работе, директор Дальневосточного зонального научно-исследовательского ветеринарного института РАСХН, в 2010-2011 гг. — профессор Дальневосточного государственного аграрного университета. С 2011 года — профессор кафедры микробиологии, эпизоотологии и вирусологии ФГБОУ ВПО «Кубанский государственный аграрный университет им. И.Т. Трубилина».
Член-корреспондент РАСХН с 1997 года, академик РАСХН с 2007 года, академик РАН с 2013 года — Отделение сельскохозяйственных наук.
Специалист в области инфекционных болезней сельскохозяйственных животных.
Академик Ю.А. Макаров — видный российский учёный, который разработал новые средства, методы и способы диагностики туберкулеза сельскохозяйственных животных. Он разработал методические рекомендации по проведению ветеринарно-санитарных мероприятий в Амурской области; методику дифференциальной диагностики поствакцинальных исследований при туберкулезе сельскохозяйственных животных. Под его руководством и при непосредственном участии ликвидировано 48 неблагополучных пунктов по туберкулезу крупного рогатого скота, разработана программа противотуберкулезных мероприятий для категорий хозяйств, районов с учетом эпизоотической ситуации; ликвидирован бруцеллез сельскохозяйственных животных в Амурской области. По данному направлению разработаны оригинальные методики, на которые получены 4 патента на изобретение.
Основные направления деятельности Ю.А. Макарова — эпизоотология, диагностика, патоморфология туберкулеза; эпизоотология и диагностика лейкоза; ветеринарная микробиология; иммунология; влияние экологических факторов на организм животных. Ю.А. Макаров установил причины, источники и механизм вспышек туберкулеза крупного рогатого скота в оздоровленных хозяйствах Дальнего Востока, разработал и внедрил в лабораторную ветеринарную практику методы распознавания скрыто протекающих форм туберкулеза.
Оригинальные исследования проведены в двух других приоритетных направлениях науки. Одно из них — вопросы формирования иммунитета при вакцинации животных. Им установлено, что в неблагоприятных экологических условиях иммунизация против бруцеллеза не обеспечивает достаточно напряженный иммунитет у крупного рогатого скота. В результате проведенных исследований обоснован и разработан способ усиления иммунного ответа при вакцинации против бруцеллеза крупного рогатого скота, оригинальность которого подтверждена патентом на изобретение. Другое приоритетное направление, по которому проведено оригинальное, имеющие принципиально важное значение для науки и практики, исследование — проблема лейкоза крупного рогатого скота. Им разработан способ диагностики лейкоза, который широко используется в животноводческих хозяйствах Дальнего Востока, на которой получен патент на изобретение.
Научные разработки Ю.А. Макарова имеют практическое значение: обоснованные им научные и практические положения широко реализуют сельском хозяйстве, они включены в действующие директивные документы, утвержденные Главным ветеринарным управлением Министерства сельского хозяйства (Госагропрома) СССР, РСФСР, Департаментом ветеринарии МСХиП РФ, Департаментом ветеринарии МСХ РФ. Результаты его исследований включены в «Комплексную экологически безопасную систему ветеринарной защиты здоровья животных», одобренную Российской академией сельскохозяйственных наук и принятую к реализации Департаментом ветеринарии МСХ РФ.
Ю.А. Макаровым подготовлено 6 докторов и 9 кандидатов наук.
Им опубликовано 182 печатные работы в том числе 5 монографий. Имеет 6 патентов на изобретения.
Член редакционной коллегии журнала «Труды Кубанского государственного аграрного университета».
Является экспертом РАН.
Заслуженный деятель науки РФ.
Удостоен Почетной грамоты Российской академии наук, Почетной грамоты Российской академии сельскохозяйственных наук.
Награжден грамотами МСХ СССР и МСХ РФ.