Трудовую деятельность начал в 1966 году в колхозе имени Чкалова, с 1969 года работал главным экономистом, затем агрономом. В 1973-1974 годах проходил службу в Советской армии. В 1973 году окончил Куйбышевский сельхозинститут по специальности ученый-агроном. В 1971-73 гг. — первый секретарь Тоцкого райкома ВЛКСМ, в 1974 году — инструктор Тоцкого райкома КПСС, в 1974-1977 гг. — второй секретарь Оренбургского обкома ВЛКСМ, в 1977-1978 гг. — зам. заведующего Отделом сельской молодежи ЦК ВЛКСМ, в 1978-1981 гг. — возглавлял Оренбургский обком ВЛКСМ, в 1981-1989 гг. — секретарь ЦК ВЛКСМ. В 1989-1990 гг. — ответственный организатор отдела партийного строительства и кадровой работы ЦК КПСС. В 1990-1991 гг. — ответственный секретарь постоянной комиссии, ответственный секретарь — руководитель Секретариата ЦК КПСС.
В 1992-1993 гг. — заместитель генерального директора Международной ассоциации руководителей предприятий. В 1993-1998 гг. — руководитель секретариата заместителя Председателя Правительства РФ. В 1998-2004 гг. — заместитель Министра сельского хозяйства РФ.
В период с 2004 по 2010 гг. — член Совета Федерации Федерального Собрания РФ, представитель от Оренбургской области, являлся заместителем председателя Комитета Совета Федерации по аграрно-продовольственной политике, членом Комиссии Совета Федерации по взаимодействию со Счетной палатой Российской Федерации.
Будучи членом Совета Федерации Федерального Собрания РФ, принимал участие в разработке целого ряда федеральных законов, а также модельных законов Межпарламентской ассамблеи государств-участников СНГ, связанных с регулированием сельского хозяйства, земельных отношений, охраной почв, высшим и послевузовским профессиональным образованием.
Участвовал в подготовке проекта Федерального закона «О развитии сельского хозяйства», Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия», Концепции устойчивого развития сельских территорий Российской Федерации, Федеральной научно-технической программы развития сельского хозяйства на 2017-2025 годы.
Долгушкин Николай Кузьмич член-корреспондент РАСХН c 2005 года, академик РАН c 2016 года.
В 2012-2014 гг. - главный ученый секретарь Президиума Россельхозакадемии. С 2014 года назначен заместителем, а в сентябре 2017 года избран главным ученым секретарем президиума Российской академии наук.
Являясь главным ученым секретарем президиума РАН, уделяет большое внимание нормативному правовому обеспечению деятельности Академии, направленному на реализацию Федерального закона от 27 сентября 2013 года № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации», определению и закреплению ее нового статуса, расширению полномочий по повышению ее роли в научно-технологическом и социально-экономическом развитии страны.
Академик РАН Н.К. Долгушкин — известный ученый в области формирования трудового и кадрового потенциала АПК, социального развития села, устойчивого развития сельских территорий, специалист в области экономики и управления народным хозяйством. Им разработана современная концепция формирования кадрового потенциала сельского хозяйства, определены критерии и показатели его эффективности, методы прогнозирования развития и приоритеты реализации.
Особую актуальность имеют разработки Н.К. Долгушкина по стратегии управления подготовкой кадров, осуществлению кадровой политики в АПК в условиях многоукладной экономики. По его инициативе и при непосредственном участии были разработаны и приняты постановление Правительства РФ «О совершенствовании кадрового обеспечения АПК», Федеральная целевая программа «Социальное развитие села до 2010 г.». Межотраслевая программа развития аграрного образования, а также ряд отраслевых комплексных и научных программ, нормативных правовых документов, имеющих исключительно важное значение для развития АПК России.
Во многих субъектах Российской Федерации, используя основные научные разработки Н.К. Долгушкина по формированию кадрового потенциала АПК, управлению процессами подготовки и переподготовки кадров, были приняты программы по кадровому обеспечению сельского хозяйства, нормативные правовые акты по вопросам подготовки и закрепления кадров на селе.
Является главным редактором редакционной коллегии ВИНИТИ РАН, членом редколлегии пяти научных журналов.
Член Президиума Российского Пагуошского комитета.
Является заместителем председателя Экспертного совета РАН, членом Кадровой комиссии Президиума РАН, членом Комиссии по уставу федерального государственного бюджетного учреждения «Российская академия наук», членом Бюро Межведомственного координационного совета РАН по исследованиям в области агропромышленного комплекса.
Входит в состав Экспертного совета при Правительстве Российской Федерации, Коллегии Минсельхоза России, Совета по агропродовольственной политике и природопользованию при Совете Федерации РФ, член Экспертного Совета Комитета Государственной Думы по аграрным вопросам.
Награжден орденами Трудового Красного Знамени, «Знак Почета», Дружбы, медалями, почетными грамотами Министерства сельского хозяйства РФ, Российской академии наук, присвоено почетное звание «Заслуженный работник сельского хозяйства Российской Федерации», является лауреатом премии им. П.А. Столыпина «Аграрная элита России – 2017».