Академии было функцией Планово-организационной комиссии, образованной в 1930 г. В 1932 г. В.Л. Комаров возглавил авторский коллектив монументального издания «Флора СССР» в тридцати томах, которое продолжалось после его смерти до 1964 г. (12) и послужило основой дальнейшего использования дикорастущих растений в практических целях.
Выборы В.Л. Комарова президентом Академии наук СССР состоялись на Общем собрании Академии 28–29 декабря 1936 г. при двух избирательных голосах «против» (13). Первые годы его президентства были сложны в силу объективных причин. Заключительный этап централизации АН СССР, перевод ее в Москву, начатый в 1934 г., но затянувшийся на целый ряд лет в связи со строительством новых зданий, перевозом имущества и переездом сотрудников, протекал под лозунгом кадрового усиления. «Вливание» в АН СССР Коммунистической академии в феврале 1936 г. добавило в руководство наукой изрядную долю идеологического контроля, распространившегося с наук гуманитарных на науки естественные, точные и технические. Планово-отчетные эпопеи стали главной ахиллесовой пятой в отношениях Академии наук и Совнаркома (в конце 1933 г. Академия наук перешла в ведение СНК СССР). Придирки и неудовольствия власть предержащих выражались президенту неоднократно в резкой, непринятой в научном сообществе форме. Аресты в академической среде перестали быть единичными. Тоталитарный режим набирал силу, а научное строительство претерпевало глубокие деформации под идеологическим прессом сталинизма.
Состояние нервного перенапряжения, в котором на протяжении нескольких лет пребывал В.Л. Комаров, привело его к серьезной болезни. К концу июня 1939 г. он отправился отдыхать и лечиться в Теберду, но физическая усталость и эмоциональные перегрузки нескольких лет президентства дали о себе знать трагическим образом: врачи констатировали кровоизлияние в правое полушарие головного
