проблемы экономического роста, научные основы региональной политики, устойчивого развития территорий и муниципальных образований и трансформации социально-экономического пространства;
интеграция регионов в глобальные экономические и политические процессы, проблемы экономической безопасности и конкурентоспособности территориальных социально-экономических систем;
территориальные особенности уровня и образа жизни, стратегий поведения и мировоззрения различных групп российского общества;
развитие региональных социально-экономических систем, применение новых форм и методов территориальной организации общества и хозяйства, развитие рекреационной сферы территорий;
социально-экономические проблемы преобразования научной и инновационной деятельности территорий;
разработка проблем информатизации общества, интеллектуальные технологии в информационных и территориальных системах, науке и образовании.
Направления научной деятельности Института соответствуют Программе фундаментальных исследований государственных академий наук на 2008-2012 гг., утвержденной распоряжением Правительства РФ от 27 февраля 2008 г. № 233-р.