В период 1946-1949 гг. В.С. Пугачёв вел научную работу по совместительству в НИИ-2 Министерства авиационной промышленности. В 1949 году приказом Министра обороны СССР был назначен по совместительству на должность постоянного члена Авиационного технического комитета ВВС и работал на этой должности до 1950 года. В этом же году был назначен научным руководителем предприятия п/я 1323 и работал там до 1953 года, не прекращая работать по совместительству начальником кафедры ВВИА им. Н.Е.Жуковского.