Основу методического подхода Владимира Семеновича к преподаванию математических дисциплин на факультете Прикладной математики составляло органическое единство полноты и математической строгости изложения основных теоретических положений каждой дисциплины с обязательным подробным рассмотрением прикладных задач, решение которых требовало использования аналитических и численных методов, изучаемых в дисциплине.

В процессе работы на кафедре В.С. Пугачевым лично были поставлены новые базовые курсы вероятностного цикла: «Теория вероятностей», «Математическая статистика», «Случайные процессы», «Теория массового обслуживания», «Теория надежности». Данные курсы были сформированы и преподавались с самого начала работы кафедры 804. Позднее к указанным дисциплинам добавились курсы «Функциональный анализ» и «Стохастические дифференциальные уравнения». Базовые курсы теории вероятностей, математической статистики и теории случайных процессов для факультета № 8 были достаточно сложными и предполагали изучение большого объема определений, теорем (всегда с полными доказательствами) и их следствий. Практическое использование студентами теоретических методов осуществлялось в процессе выполнения курсовых работ (проектов), над которыми студенты работали в индивидуальном порядке под руководством ведущих преподавателей кафедры 804. Выполнение любой курсовой работы обязательно было связано с решением конкретных прикладных задач. Например, темы курсовых работ по теории случайных процессов были связаны с изучением моделей турбулентности атмосферы, моделированием возмущенного движения летательного аппарата, обработкой измерительной информации (фильтрация и прогнозирование случайных процессов методами Колмогорова - Винера и Калмана), моделированием систем массового обслуживания, анализом надежности технических систем, разработкой компьютерных методов моделирования случайных процессов и многими другими интересными задачами прикладного характера. Защита курсовых работ проводилась перед специальной комиссией, которую лично возглавлял Владимир Семенович. Таким образом, многие студенты получали не только опыт самостоятельной работы, но также и первый опыт публичных выступлений с научными докладами. Весьма часто оказывалось, что в процессе выполнения курсовой работы обнаруживались новые интересные задачи, решение которых формально выходило за рамки