В годы Великой Отечественной войны

В. С. Пугачёв вместе со всем коллективом ВВА им. Н. Е. Жуковского продолжал во все увеличивавшихся масштабах работу по подготовке авиационных инженеров для фронта.

Основным направлением научной деятельности в то время было решение многочисленных задач в интересах фронта. Эту работу В. С. Пугачёв продолжал и во время стажировки на фронте летом 1942 г. Будучи дублером помощника командующего воздушной армией по воздушно-стрелковой подготовке, он вел работу непосредственно с летным составом, направленную на повышение боевого мастерства летного состава ВВС.