Фундаментальные исследования в начальный период деятельности ИПИ АН велись в основном в рамках работ по этим направлениям.

В 1984 году В.С.Пугачев переходит в ОИТВА и включается в активную работу. С 1984 по 1990 гг. В.С.Пугачев – член бюро ОИВТА. В 1984 г. по приглашению Б.Н.Наумова переводится из ИПУ АН в ИПИ АН. Он организовал отдел «Теоретические основы информатики» в составе двух секторов (руководители: д.т.н. Б.Г.Доступов, к.ф.-м.н. В.И.Шин) и руководил им вплоть до 1989 г.

В 1986–1990 годы В.С.Пугачев руководит КНП-9. В эти годы В.С.Пугачев – член дирекции ИПИ АН, заместитель председателя Диссертационного совета, руководит общемосковским семинаром по статистическим проблемам управления и информатики.

В 1988 году умирает первый директор ИПИ АН, академик Б.Н.Наумов. В институт в качестве директора в 1989 г. приходит член-корреспондент АН СССР Игорь Александрович Мизин, много лет до этого проработавший в оборонной промышленности. Этот период совпал по времени с началом коренных изменений в жизни страны и Академии наук. По инициативе И.А.Мизина в институте стали активно развиваться работы в области построения интегрированных информационно-телекоммуникационных сетей и систем. Особое внимание И.А. Мизин уделял фундаментальным основам системных применений средств вычислительной техники и связи. В.С. Пугачев был учителем И.А. Мизина в Военно-воздушной инженерной академии им. профессора Н.Е. Жуковского. В 50-80-ые годы В.С. Пугачев и И.А.Мизин, работая в оборонной промышленности, тесно сотрудничали. Последние годы жизни В.С.Пугачев и И.А.Мизин проработали вместе в ИПИ РАН. В.С.Пугачев с гордостью упоминал И.А.Мизина среди своих учеников.

И.А.Мизин считал работы научной школы В.С.Пугачева для себя образцовыми как с фундаментальной, так и прикладной точки зрения. Тематика стохастического системного анализа входила в число основных направлений работ ИПИ РАН и пользовалась поддержкой И.А.Мизина. Он споспешествовал развитию ее фундаментальных начал, в трудные 90-е годы