С октября 1943 года по сентябрь 1944 года В. С. Пугачёв работал заместителем начальника Научно-испытательного  института авиавооружения по научной работе, продолжая по совместительству работу начальника кафедры ВВА им. Н. Е. Жуковского.

За самоотверженный труд в годы Великой Отечественной войны В. С. Пугачёв был награжден орденом Отечественной войны II степени, двумя орденами Красной Звезды и медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».