Академический архив, основанный по указу императора Петра II Алексеевича первоначально располагался в Санкт-Петербурге. Согласно Уставу Академии наук работой архива руководил непременный секретарь. В начале ХХ в. большую роль в истории архива сыграл непременный секретарь АН, академик С.Ф. Ольденбург.
В советское время Архив Российской академии наук стал самостоятельным научным учреждением, получил статус общеакадемического, а затем статус научного учреждения.
В 1963 г. решением Президиума АН СССР Московское отделение архива было преобразовано в Архив АН СССР. В Ленинграде было создано Ленинградское отделение архива, с 1991 г. – Санкт-Петербургский филиал Архива РАН.
Санкт-Петербургский филиал Архива РАН является хранителем уникального комплекса документов ХV–ХХ вв. по истории Академии наук и мировой фундаментальной науки. В общей сложности это около полумиллиона дел, структурированных в 750 фондов, 16 разрядов (коллекций). Здесь хранятся документы академических учреждений разного времени, материалы академических экспедиций, графические и архивные коллекции, богатейшие личные фонды ученых, в том числе историков всех специальностей М.В. Ломоносова, В.П. Бузескула, М.М. Ковалевского, Н.П. Кондакова, А.С. Лаппо-Данилевского, Н.П. Лихачева, Н.Я. Марра, Г.Ф. Миллера, А.П. Окладникова, С.Ф. Ольденбурга, П.П. Семенова-Тян-Шанского и многих других.
С 2001 г. директором Санкт-Петербургского филиала Архива РАН является д.и.н. И.В. Тункина. Заместитель директора – к.т.н. А.А. Галушкин.
