Полностью изучен рельеф монастырского холма; прослежена технология «нулевого цикла» строительства самого сложного инженерного сооружения России середины XVII в. Воссоздается первоначальная литургическая организация. Открыты не известные ранее архитектурные изразцы 1650-х гг. для фасадов, интерьера и центральной святыни собора – полноразмерной модели Гроба Господня.
Вдоль современных стен открыт образцовый крепостной гласис эпохи Никона: вал из песка, обложенный по склонам булыжным панцирем и, поверх камня, дерном (его венчали деревянные стены с башнями); утраченные части нынешних стен и башен 1690-х гг. В источниках эти сооружения в лучшем случае упоминались.
Следы бесчисленных паломничеств рисуют евлогии (благословения): части трехстворчатого литого складня и резного перламутрового креста – возможно, из Палестины; медальон с иконой Воскресения. Наборы печных изразцов XVII – раннего XVIII веков включают все известные науке типы, а также ряд неизвестных в остальной России.
Исследования в Новом Иерусалиме рисуют церковную культуру зарождающейся современной России. Проект видится теперь одной из попыток модернизации страны, которые в ближайшем будущем обеспечат цивилизационный прорыв Петра Великого.
На монастырском холме открыты и следы гораздо более древних памятников, в т.ч. поселения финала бронзового века.
