В штате Института 27 докторов филологических наук и 48 кандидатов филологических наук.
Три научные школы, базирующиеся в Институте, имеют статус ведущих (Петербургская школа функциональной грамматики – рук. член-корр. РАН А.В. Бондарко, Петербургская типологическая школа – рук. д.ф.н. В.С. Храковский, Петербургская школа сравнительно-исторического языкознания – рук. д.ф.н. академик РАН Н.Н. Казанский, д.ф.н. Л.Г. Герценберг) и поддерживались грантами Президента Российской Федерации.
В структуре Института – 7 научно-исследовательских отделов и лабораторий.
— Словарный отдел;
— Отдел языков народов Российской Федерации;
— Отдел теории грамматики;
— Отдел сравнительно-исторического изучения индоевропейских языков и ареальных исследований;
— Лаборатория типологического изучения языков;
— Лаборатория информационных лингвистических технологий;
— Временный творческий коллектив по подготовке словаря М.В. Ломоносова (на правах отдела).
С 1972 г. ИЛИ РАН выпускал серию «Лингвистические исследования». С 2003 г. выходит новое периодическое издание: «Труды Института лингвистических исследований. Acta Linguistica Petropolitana» (периодичность 3 выпуска в год). Данное издание является рецензируемым и входит в список ВАК. В этот же список включено еще одно периодическое издание, выходящее в ИЛИ РАН, – ежегодник «Индоевропейское языкознание и классическая филология».
