В 1987г. ввиду проводимых реформ в АН академик Г. С. Поспелов перестал быть по возрасту зав. отделом, который распался на два новых отдела. В один из них перешел сектор д. ф.-м.н. В. Л. Вен, куда попали некоторые новые сотрудники после аннулирования отдела Г. С. Поспелова. Вскоре В. Л. Вен стал намекать о своих амбициозных желаниях выделиться в самостоятельный отдел. Один из новых сотрудников работал консультантом в отраслевом институте Минприбора. Благодаря этим связям удалось перевести восемь вакансий в ВЦ. Так возник новый отдел с двумя секторами. Вскоре в него перешел коллектив бывшей лаборатории В. М. Бребрина, и был создан третий сектор. Начались девяностые годы и время перемен. В 1994г. неожиданно ушел из ВЦ В. Л. Вен. Над коллективом повисла угроза расформирования отдела. Сотрудники обратились к д.ф.-м.н. В. И. Цуркову с просьбой сохранить подразделение. В это время он читал лекции в одном из институтов Испании и вынужден был вернуться в Москву. Дирекцией была создана комиссия под руководством академика Н. Н. Моисеева по решению судьбы отдела. После жарких дискуссий благодаря поддержке председателя, а также академиков Г. С. Поспелова, Н. И. Журавлева, В. В. Румянцева удалось сохранить отдел, который существует до настоящего времени.