Отдел основан в 1994 году на базе отдела разработки компиляторов Института проблем кибернетики РАН. В отделе ИПК РАН были разработаны и реализованы компиляторы с языков Фортран, Паскаль, PL/I и Си, а также ассемблер и его система программирования для суперкомпьютера "Электроника СС БИС".