Российский Пагуошский комитет создан при Академии наук СССР в 1957 г. как Советский Пагуошский комитет в соответствии с постановлениями Президиума АН СССР от 9 августа 1957 г. № 596 «Об участии советских ученых в Международной конференции по опасностям атомной войны в Пагуоше (Канада)», от 10 октября 1958 г. № 647 «Об участии делегации Академии наук СССР в 3-й Пагуошской конференции», а также решениями вышестоящих органов. В 1991 г. в связи с воссозданием Российской академии наук Советский Пагуошский комитет преобразован в Российский Пагуошский комитет (далее — Комитет). В соответствии с постановлением Президиума РАН от 26 января 1999 г. № 20 «О национальных комитетах, комитетах и комиссиях при Российской академии наук и при Президиуме Российской академии наук» Комитет состоит при Российской академии наук. Комитет не имеет статуса юридического лица, состоит при президиуме Федерального государственного бюджетного учреждения «Российская академия наук» (далее — РАН), является национальным комитетом РАН и действует в качестве научно-координационного и научно-консультативного органа президиума РАН. Комитет создан в целях развития и укрепления международных научных связей и координации участия РАН, членов РАН, отдельных ученых, студентов и молодых специалистов России в деятельности международной неправительственной научной организации «Пагуошское движения ученых» (Pugwash Conferences on Science and World Affairs), учрежденной в соответствии с резолюцией Манифеста Рассела-Эйнштейна от 9 июля 1955 г. на международной конференции ученых, состоявшейся 7-10 июля 1957 г. в Пагуоше (Канада). В 1995 году Пагуошское движение учёных было удостоено Нобелевской премии мира за усилия по уменьшению роли ядерного оружия в международной политике и по уничтожению в конечном итоге такого оружия.