Основные труды в области химии свободных радикалов, гомолитических реакций, электрохимических и окислительных реакций органических соединений. Автор более 600 публикаций. Г.И. Никишиным создан широкий спектр методов конструирования и трансформации молекул с участием радикальных и ион-радикальных интермедиатов, методов генерирования углерод-, кислород- и серацентрированных радикалов из функциональных соединений. Разработаны эффективные схемы получения разветвленных карбоновых кислот, альдегидов, кетонов, спиртов, кислород- и серасодержащих гетероциклов. Открыты явление гомолитического распада пероксидов в процессе их сокристаллизации с кристаллической матрицей, новые пути конструирования циклических ди- и трипероксидов из карбонильных соединений, пероксидов с функциональными группами. На основе выдвинутой совместно с сотрудниками идеи мультикомпонентной электрохимической реакции, протекающей по схеме каскадных процессов, разработаны методы стереонаправленного синтеза циклопропановых структур, синтеза ди-, три- и тетрациклических соединений, содержащих различные гетероциклические фрагменты. Заведующий лабораторией и член Ученого Совета ИОХ РАН, член Научного Совета по органической химии РАН. Лауреат Государственной премии СССР, премий им. А.М. Бутлерова и им. Н.Д. Зелинского РАН. Награждён орденами Дружбы народов и Почета. Ключевые слова Органическая химия; органический синтез; свободнорадикальные реакции; электрохимический синтез