Область научных интересов – общая микробиология, генетика микроорганизмов, биотехнология защиты окружающей среды от загрязнений. Автор и соавтор более 370 научных публикаций. Под руководством А.М. Боронина выполнены основополагающие работы по всестороннему исследованию бактериальных плазмид: изучению их распространения, экологии, классификации, генетической и молекулярной структуры, функционального значения для клеток и популяций, роли в микроэволюции бактерий. Большой цикл работ посвящен изучению деструкции и детоксикации микроорганизмами разнообразных органических соединений, загрязняющих окружающую среду. Изучение ризосферных микроорганизмов, обладающих свойством стимулировать рост растений позволило создать технологию получения и практического применения препаратов-биопестицидов на основе живых клеток ризосферных псевдомонад. Разработана новая концепция биоремедиации, заключающаяся в совместном использовании растений и ризосферных микроорганизмов, обладающих способностью стимулировать рост растений и осуществлять деградацию токсичных органических соединений. А.М. Боронин - один из организаторов Пущинского государственного университета, ректором которого он являлся в течении 12 лет. За несколько лет до появления программы «Интеграция науки и образования» был создан первый в России Университет, в котором реально интегрированы образование и наука. В настоящее время А.М. Боронин является Президентом Пущинского государственного университета. Под его руководством защищено 23 кандидатских и 2 докторских диссертации. А.М. Боронин – член Президиума Пущинского научного Центра, Зам. Председателя Московского областного Совета по научно-технической и инновационной политике при Губернаторе Московской области, член редколлегий научных журналов: «FEMS Microbiology Rev.», «Микробиология», «Генетика», «Биотехнология», «Прикладная биохимия и микробиология». А.М. Боронин – организатор, сопредседатель и приглашенный докладчик многих, в том числе международных симпозиумов, член международных SCOPE/COGENE, UNEP, EERO, IUPAC, WFS, CIP, комиссий и организаций. Член Правления Попечительского Совета Международного картофельного Центра (Перу, Лима), Член Консультативного Совета Китайской Академии Сельскохозяйственных Наук. Награжден «Орденом дружбы народов», «Орденом почета», Лауреат Премии Президента РФ в области образования, является лауреатом Премии за 2005 год Международной академической издательской компании «Наука/Интерпериодика» за лучшую публикацию в издаваемых ею журналах. Ключевые слова Микробиология (биология бактериальных плазмид, генетики микроорганизмов)