Область научных интересов - в последнее время-биотехнология. Под его руководством были разработаны технологии получения генно-инженерного инсулина человека и его аналогов, гормона роста человека, которые внедрены в производство. Получены штамм-продуценты ряда важных лекарственных препаратов пептидно-белковой природы. Кроме того, продолжены работы по разработке биотехнологических процессов получения противовирусных и противораковых препаратов на основе модифицированных нуклеозидов. А.И.Мирошников является членом редколлегий журналов «Биотехнология», «Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии». Он является автором и соавтором более 300 научных работ. Член-корреспондент РАН с 1994 года, в 2000 году избран действительным членом РАН. Научно-организационная деятельность- заместитель председателя Научного совета РАН по научному приборостроению, член Координационного совета РАН по инновационной деятельности, вице-президент Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. С 2005 года Председатель Президиума Пущинского научного центра РАН, с 2008 года член Президиума РАН. Ключевые слова Биоорганическая химии пептидов и белков и низкомолекулярных биорегуляторов.