Сфера научных интересов – инфектология и экология микроорганизмов человека. Рабо-ты в области инфектологии способствовали использованию лизоцима и бетализинов в качестве диагностических критериев гомеостаза организма. Разрабатывает теоретические аспекты и прикладные методы исследования персистентных свойств микроорганизмов: обосновано положение о персистенции патогенов как форме симбиоза, определена ключевая функция пептидогликана в выживании бактерий в организме хозяина, описаны новые факторы бактерийной деградации защиты организма, сформулирован принцип экологической детерминированности персистентных характеристик бактерий, что позволило повысить качество решения диагностических, терапевтических и прогностических задач инфекционной клиники; разработан и проведен микроэкологический мониторинг природных экосистем газоносных провинций России; развивается концепция ассоциативного симбиоза. Результаты исследований систематизированы в 400 научных статьях, 15 монографиях и сотне авторских свидетельств и патентов РФ. Ряд крупных монографических работ, отмечен премиями РАН и РАМН – «Персистенция патогенных бактерий» (1999), «Нейтрофилы и гомеостаз» (2001), «Биология патогенных кокков» (2002), «Механизмы выживания бактерий» (2005), «Экология микроорганизмов человека» (2006). Он лауреат премий РАМН по микробиологии им. В.Д. Тимакова (2001), РАН по биологии им. И.И. Мечникова (2002), Правительства РФ по науке и технике (2004), УрО РАН по медицине им. В.В. Парина (2005). В 1976 г. им организована и возглавлена проблемная научно-исследовательская лаборатория по изучению механизмов естественного иммунитета в ОГМА, в 1997 г. - Институт кле-точного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, а в 2002 г. - Оренбургский научный центр УрО РАН. Подготовлено 30 докторов и 118 кандидатов наук. Для бактериологов учреждений ГСЭН РФ разработан комплект учебных пособий по микробиологии (2002, 2004), новый лекционный курс для студентов и врачей последипломной подготовки «Основы инфектологии», читаемый в Оренбурге и в Москве (МГУ) Ключевые слова Проблемы адаптации микроорганизмов (бактериальная персистенция)