В трудах Макарова Н.А. на основании археологических материалов впервые разработан ряд ключевых вопросов истории средневековой Руси, таких как хронология, пути и механизмы древнерусской колонизации Севера, этнокультурное взаимодействие славян и финнов в северных областях Восточной Европы, хозяйство и культура сельских территорий в домонгольское время, христианизация древнерусской деревни. Продуктивность исследований Н.А. Макарова определяется тем, что он сумел подойти к решению этих узловых проблем русского Средневековья, опираясь на новые археологические источники и используя новые методы полевой археологии. Важнейшей темой научных исследований Макарова Н.А. в последние годы стало формирование древнейшего ядра славянских поселений в Суздальской земле, кристаллизация основного очага древнерусской государственности и культуры на Северо-Востоке. Автор более 200 научных работ, в числе которых 5 монографий. Как директор Института археологии РАН Н.А. Макаров много сделал для усиления научного потенциала института, обновления тематики археологических исследований, расширения полевых экспедиционных работ, публикации материалов важнейших археологических проектов. Он прилагает большие усилия для укрепления позиций Института в системе археологических учреждений России, для налаживания эффективной системы охраны археологического наследия и противодействия грабительским раскопкам. Существенную составляющую в его научной деятельности в последние годы занимает анализ современных проблем сохранения археологических памятников, разработка эффективных путей охраны археологического наследия России. Ключевые слова Археология и история Средневековой Руси и финно-угорских областей Восточной Европы. Проблемы средневекового расселения и древнерусской культуры.