Специалист в области экономики, автор 310 научных трудов, из них 66 монографий, в том числе 12 личных Основные научные результаты Ильина В.А.: - сформулированы стратегические направления развития промышленности, сельского хозяйства, научно-инновационной сферы Вологодской области, разработана методика оценки и определены основные направления обеспечения экономической безопасности; - разработан методический инструментарий оценки эффективности государственного управления, основанный на анализе данных Росстата и социального самочувствия населения, обоснован комплекс мер по корректировке экономической политики; - разработана система оценки масштабов трансформации территориальной структуры национальной экономики; с использованием интегрального показателя осуществлена кластеризация регионов РФ по уровню социально-экономического развития; - проведена оценка состояния кластерных систем в российских регионах, выявлен потенциал развития производственной кластеризации в территориальных системах; - выявлен уровень и динамика экономического положения и социального самочувствия населения регионов, изучены факторы, определяющие территориальные различия, проведено ранжирование развития территорий по показателям качества жизни населения и интегрирован-ной модернизации.