Пуховский Ю.П. ведет научную работу по направлению "Исследование структуры и динамики сольватных оболочек ионов в смешанных растворителях методами компьютерного моделирования". Он эффективно использует для этого все современные методы компьютерной химии: молекулярно-динамическое моделирование, молекулярно-механические, полуэмпирические и квантово-химические расчеты. Его работы по компьютерному моделированию электролитов в смешанных растворителях и теоретические исследования преимущественной сольватации и динамики ионов в растворах являются приоритетными в области приложения методов компьютерного моделирования к исследованию жидких смесей и опубликованы в ведущих международных журнал физической химии растворов. Результаты научных исследований были неоднократно представлены на Международных и Всесоюзных конференциях, в том числе и в качестве приглашенного докладчика. Пуховский Ю.П. является одним из авторов пакета компьютерных программ позволяющих рассчитывать структурные и динамические свойства многокомпонентных жидких смесей на основе метода молекулярной динамики. Эти программы на протяжении 12 лет используются в ряде Российских и зарубежных научных институтах. За период работы в лаборатории Пуховским Ю.П. разработана собственная методика расчетов и соответствующий комплекс программ для получения новых модельных потенциалов межмолекулярного взаимодействия на основе квантово-механических расчетов. Эта методика успешно применяется не только в ИХР РАН, но и в некоторых зарубежных институтах.