Область научных интересов: структурные принципы минералов, кристаллохимия, структурная кристаллография. Его работы отличаются широким охватом структурных данных, позволившим разработать новые аспекты структурной минералогии и сравнительной кристаллохимии силикатов, фосфатов и других связанных с ними минералогических групп, а также выявить новые кристаллохимические закономерности их ассоциаций и особенности кристаллогенезиса в ходе различных минералообразующих процессов. Реализовал проект проведения рентгенографических исследований минералов непосредственно на борту HИС «Дмитрий Менделеев» в ходе 27 рейса. Открытому швейцарскими минералогами в 1996 г. природному арсенату меди присвоено имя пущаровскит. Подготовил 2 докторов наук и 7 кандидатов наук. Выступал с пленарными докладами и лекциями в 25 университетах мира и на международных школах. Опубликовал около 400 научных работ, в т.ч. 8 учебников и монографий. Основные научные труды за период 2008-2010: Ю.М.Пущаровский, Д.Ю.Пущаровский. Геология мантии Земли. М., Геос, 2010; N.V. Zubkova, D.Yu. Pushcharovsky. Mixed-Framework Microporous Natural Zirconosilicates. In the book: Minerals as Advanced Materials I. Ed. S. Krivovichev. Springer. 2008. 45-56. 256pp.; N.V. Zubkova, I.V. Pekov, D.Yu. Pushcharovsky , N.V.Chukanov. The crystal structure and refined formula of mountainite. Z.Krist., 2009, vol.224,N6, 389-396. Ключевые слова Рентгенография минералов. Структура и свойства кристаллов. Трансформация минералов при высоких давлениях