Основные научные достижения Лопатина А.В. лежат в области морфологии, филогении и эволюции мезозойских и раннекайнозойских млекопитающих: им открыто более 100 видов и 40 родов, выделен ряд новых высоких таксонов; исследованы древнейшие представители насекомоядных, грызунов и зайцеобразных, разработаны модели их происхождении и ранней эволюции, модифицированы системы этих групп; в результате изучения мезозойских млекопитающих предложена новая система класса млекопитающих на уровне надотрядных таксонов. Лопатин А.В. ведет активную преподавательскую работу в Научно-образовательном центре палеонтологии и биостратиграфии Палеонтологического института им. А.А. Борисяка (ПИН) РАН, являясь его заведующим и автором лекционного курса. Лопатин А.В. – начальник Отдела биологических наук РАН – зам. академика-секретаря Отделения биологических наук РАН по научно-организационной работе, зам. председателя Музейного совета РАН, член редколлегий журналов "Палеонтологический журнал" РАН и "Russian Journal of Theriology", член Ученого совета ПИН РАН, член диссертационного совета ПИН РАН, председатель Редсовета ПИН РАН, член бюро Научного совета РАН по проблемам палеобиологии и эволюции органического мира, член Комиссии по оценке результативности деятельности организаций РАН, член Экспертной комиссии по оценке научных работ молодых ученых РАН. Ключевые слова Палеонтология позвоночных.