Котов А.А. – специалист в области исторической экологии водных экосистем, изучения механизмов формирования биоразнообразия континентальных водоемов, биогеографии, филогеографии, микро- и макроэволюции гидробионтов. Автор 186 научных работ, из них 2 монографий и 110 статей представленных в базе данных Web of Science (процитированы за предыдущие 5 лет 822 раза, индекс Хирша – 21). Основные научные результаты Котова А.А.: - разработан подход к альго-зоологическому анализу донных отложений как основе типизации континентальных водоемов, - исследована история многих водных экосистем, объяснены современные филогеографические паттерны некоторых групп гидробионтов, выявлены общие биогеографические закономерности их распределения в глобальном масштабе и в масштабах отдельных континентов и регионов, - исследована пост-ледниковая генетическая, морфологическая и экологическая дифференциация ряда модельных групп гидробионтов, исследована трофическая дифференциация планктонных и прибрежных микроскопических ракообразных, выявлен ряд случаев трансконтинентальных антропогенных инвазий планктонных ракообразных, а также изучено влияние изменений климата на успешность проникновения бореальных видов в Арктику. Котов А.А. ведет преподавательскую деятельность: под его руководством успешно защищены 2 кандидатские диссертации, он руководитель 3 аспирантов и 5 соискателей, а также консультант при написании 2 докторских диссертаций. Котов А.А – член редколлегий журналов "Invertebrate Zoology" и "Biologia", член Исполкома Международного союза биологических наук, заместитель председателя Национального комитета биологов России, член Координационного механизма программы "Глобальная Таксономическая Инициатива" (GTI) в рамках Конвенции о Биологическом разнообразии ЮНЕП, член Президиума ВАК при Министерстве образования и науки РФ. Ключевые слова Гидробиология