Первый лингвистический Институт в системе Академии наук (Институт яфетидологических изысканий), был организован акад. Н.Я. Марром в 1921 г. В 1931 г. он был переименован в Институт Языка и мышления.
В настоящем своем статусе Институт лингвистических исследований РАН существует с 1991 г. (постановление Президиума АН №191 от 25.06.91).
ИЛИ РАН – одно из ведущих научно-исследовательских учреждений страны в области языкознания. Многолетняя исследовательская практика и ее результаты (словари, лингвистические атласы, монографии, а также словарные картотеки Института, формировавшиеся в течение многих десятилетий, и насчитывающие более 12 млн. карточек) получили признание лингвистов всего мира.
Директорами Института на протяжении его истории были акад. Н.Я. Марр, акад. И.И. Мещанинов, член-корр. РАН А.В. Десницкая, член-корр. РАН А.И. Домашнев. С 2002 г. директором Института является академик РАН Н.Н. Казанский.
В разные годы в Институте работали такие выдающиеся языковеды, как В.А. Аврорин, В.М. Адмони, А.М. Грюнберг, В.М. Жирмунский, С.Д. Кацнельсон, В.П. Недялков, П.Я. Скорик, Г.А. Меновщиков, Ю.С. Сорокин, А.А. Холодович, В.И. Цинциус, А.М. Щербак.
В Институте в настоящее время работают члены-корреспонденты РАН А.В. Бондарко и Е.В. Головко, академики Н.Н. Казанский и И.М. Стеблин-Каменский.