В начале XIX в. собрание музея пополнилось богатыми коллекциями из кругосветных и сухопутных экспедиций. Уникальные собрания поступили из русских владений в Северной Америке и Сибири. Собирание коллекций для Кунсткамеры в начале XIX в. продолжало оставаться государственной политикой Российского государства. Правителем Камчатки майором М.К. Бемом были присланы богатые этнографические коллекции из Сибири и Аляски, в том числе коллекции, подаренные экспедицией Дж. Кука Екатерине Великой. Значительная роль в накоплении научных материалов по антропологии и этнографии принадлежала русским путешественникам: И.Г. Вознесенскому, И.Ф. Крузенштерну, Г.И. Лангсдорфу, Ю.Ф. Лисянскому, Ф.П. Литке, Л.И. Шренку и др.
Особую ценность представляют коллекции по этнографии, поднесенные в дар музею Н.Н. Миклухо-Маклаем и В.В. Юнкером.
Широкие и планомерные экспедиционные исследования – одно из приоритетных направлений научной и музейной деятельности на протяжении всей истории МАЭ. В начале XXI в. ежегодно совершается до 40 экспедиционных выездов в различные районы России и в зарубежные страны для проведения полевых исследований по этнографии, археологии, антропологии.
Собраны и собираются оригинальные полевые материалы, отражающие сложнейшие этапы истории России и зарубежных стран и являющиеся важным источником для изучения истории, этнокультурных и социальных процессов, происходивших и происходящих в различных регионах мира. В музей доставляются экспонаты, фото- и видеоматериалы.
