Эту просьбу поддержал и Р. Лейкарт в своей рекомендации, направленной Н.И. Пирогову (1811–1881), руководившему тогда в Министерстве народного просвещения работой молодых ученых, посылаемых за границу для подготовки к профессорской деятельности. Стипендия в размере 3200 рублей на два года пришла через год – осенью 1865 г.
В 1865 г., в Гиссене Мечников сделал очень важное для своей будущей биографии открытие: он обнаружил у низших ресничных червей – земляных планарий (Geodesmus bilineatus) отсутствие пищеварительной полости и пришел к заключению, что акт пищеварения у них осуществлялся внутри подвижных клеток мезодермального происхождения, аналогично тому, как он осуществляется у одноклеточных (например, инфузории) и других простейших. Благодаря этому наблюдению, 20-летний Мечников получил важное доказательство генетической связи между червями и простейшими, что дало ему основание теоретически обосновать генетическую связь Protozoa с первичными вымершими и ныне живущими Metazoa [8; 9. Т.1. С.63-73]. С этого времени, проблему происхождения низших животных Мечников стал решать, изучая способы их питания. Через семнадцать лет, вернувшись к «гиссеновскому наблюдению», на него, в буквальном смысле, «сойдет озарение» и он сделает фундаментальное открытие, обессмертившее его имя – имеется в виду открытие клеточного механизма иммунной защиты.