В ИГД под председательством Скочинского была организована комиссия по буровзрывному делу, целью её была координация работ по исследованию возможностей для производства в военных условиях безопасных взрывчатых веществ на местном сырье (1943). Академик участвовал также в постройке специальных объектов, имеющих оборонное значение, и был награждён в связи с этим медалью «За оборону Москвы» (1943).
В 1943 г. по поручению Президиума АН СССР он занялся организацией Западно-Сибирского филиала АН СССР, а в 1944 г. он был избран председателем его Президиума. В филиал вошла группа научных институтов, среди которых был и горногеологический. Строительство новой научной базы в Западной Сибири, особенно в годы войны, имело огромное значение и для науки, и для исследования и освоения природных богатств нового региона.
За самоотверженный труд в годы Великой Отечественной войны учёный был удостоен целого ряда наград: Почетной грамоты за особые заслуги в деле выявления и освоения природных ресурсов Казахстана от Президиума Верховного Совета Казахской ССР (1943); ордена Ленина за выдающуюся многолетнюю деятельность в области горной промышленности и крупные заслуги в деле подготовки научно-технических кадров в связи с 70-летием со дня рождения (1944); ордена Трудового Красного Знамени за выдающиеся заслуги в развитии науки и техники в связи с 220-летием АН СССР (1945); медали «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946).
А.А. Скочинский всегда уделял большое внимание условиям труда горняков. В 1946 г. учёный был назначен главным консультантом Государственной главной горнотехнической инспекции Наркомугля Запада. В послевоенные годы он продолжил начатые еще до войны исследования. Большие результаты были достигнуты в области не только рудничной аэродинамики, но и рудничной термодинамики, в работах теории внезапных выбросов угля и газа. Долгие годы учёный стоял во главе Центральной комиссии по борьбе с внезапными выбросами угля и газа, привлекая к разработке проблемы многие институты. Скочинский возглавлял также Межведомственную комиссию по борьбе с силикозом. К борьбе с профессиональным заболеванием шахтёров он привлёк более 100 технических и медицинских институтов, в которых велись научно-исследовательские работы по этой проблеме.
Деятельность учёного была отмечена в послевоенный период: медалью «За восста-новление шахт Донбасса» (1947); орденом Ленина за безупречную и долголетнюю деятельность в угольной промышленности (1948); орденом Ленина за выдающиеся заслуги в области развития теории разработки угольных и рудных месторождений в связи с 75-летием со дня рождения и 50-летием инженерной, научной, педагогической деятельности (1949); Государственной премией I степени за создание и внедрение в угольную промышленность приборов для контроля рудничной атмосферы (1950); званием Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и Золотой медали «Серп и Молот» за большие заслуги в области развития горной промышленности и подготовки научно-техни-ческих кадров и в связи с 80-летием со дня рождения (1954).
