С 1911 по 1917 гг. Веденеев сосредоточивается на изысканиях, проектировании и строительстве морских портов – вначале Владивостокского, а затем Мурманского. После Октябрьской революции он занимает ответственные должности в Главном комитете государственных сооружений (Главкомгосоор): проектирует крупные оросительные системы Средней Азии, исследует вопросы шлюзования рек Москвы и Оки, активно работает в составе Комиссии ГОЭЛРО.
В 1921 г. началось сооружение первой в Советской России мощной гидроэлектростанции на Волховских порогах. Веденеев в составе сформированной по решению СНК группы специалистов направляется на строительство ГЭС. Он возглавляет проектирование гидротехнических сооружений, а затем становится начальником Технического отдела и помощником главного инженера строительства. В 1925 г. его выдвигают на должность начальника работ, а в 1926 г. строительство Волховской ГЭС было успешно завершено.
Следующим местом работы гидростроителя становится Днепровская ГЭС. В должности главного инженера Днепростроя Веденеев обеспечивал техническое руководство сооружением крупнейшего в Европе гидроузла. Деятельность Бориса Евгеньевича характеризовал системный подход к решению проблем с опорой на новейшие для того времени проектные методики и монтажно-строительные технологии. Он был идеологом и организатором механизации строительных работ при возведении плотины, электрификации бетонных заводов и камнедробильного производства, перехода на электрическую тягу при транспортировке бетона.
В научно-техническом наследии Веденеева можно выделить три основных направления. Первое, связанное с разработкой общих проблем гидроэнергетики, отражено в его книге «Гидроэлектрические силовые установки», где автор исследует способы регулирования стока рек применительно к задачам энергетики; нахождение оптимальных мощностных характеристик ГЭС, работающих как автономно, так и параллельно с другими станциями; выбор расчётной высоты напора для водяных турбин; определение наивыгоднейшего количества агрегатов ГЭС и др. Теоретические вопросы в книге рассматриваются с привязкой к запросам практики и решаются на основе комплексного технико-экономического анализа.
Второе направление изысканий – выбор оптимального проектно-конструкторского решения ГЭС как с точки зрения минимизации затрат на возведение станции, так и эффективности и надёжности её эксплуатации. Веденеев предложил при определении затрат на строительство гидроэлектростанций пользоваться коэффициентами, выражающими отношения стоимости отдельных рабочих операций к стоимости бетонных работ. Метод «приведённого бетона» получил широкое распространение в работе проектных организаций.
Третье направление исследований ученого связано с определением себестоимости вырабатываемой на ГЭС электроэнергии. Из эксплуатационной практики известно, что гидроэлектростанции равной мощности генерируют различное количество электроэнергии. Причина – различие речных стоков. Веденеев предложил при определении эффективности гидроэнергетических объектов рассматривать стоимостные характеристики ГЭС с привязкой не только к единичной мощности, как это обычно делалось, но и к выработке электроэнергии станцией.