Такая плодотворная и разносторонняя научная и научно-организационная деятельность снискала А.П. Карпинскому огромный авторитет в различных слоях общества. Не случайно именно ему император Николай II 15 мая 1916 г. поручил исполнять обязанности вице-президента Академии наук после кончины П.В. Никитина. Годом раньше Академия лишилась и своего президента, великого князя Константина Константиновича, поэтому фактически сразу А.П. Карпинскому пришлось возглавить Академию наук и обеспечить ее выживание в трагических испытаниях, выпавших на долю России после Февральской революции 1917 г.
4 марта 1917 г. руководители Императорской Академии наук, обратились к Временному правительству с заявлением о своей готовности предоставить в его распоряжение все знания и средства, которыми Академия наук может служить России (11). 24 марта 1917 г. состоялось экстраординарное Общее собрание Академии наук, одобрившее данное обращение (12). Императорская Академия наук стала называться Российской Академией наук. Были предприняты реальные шаги по ее демократизации, в частности, введена автономия правления. 15 мая 1917 г. А.П. Карпинский стал первым президентом Российской Академии наук, избранным самими учеными на Общем собрании. Министерство народного просвещения своим письмом за №1481 от 28 июля 1917 г. уведомило Академию, что Временное правительство утвердило это избрание (13). Через пять лет, в мае 1922 г., Общее собрание РАН вновь избрало академика А.П. Карпинского президентом Академии на новый срок (14).
Под руководством Карпинского стали предприниматься меры по реформированию Академии наук и российской науки в целом. Ученые разрабатывали планы создания новых университетов, институтов, ассоциаций в разных регионах России. Карпинский был одним из организаторов Свободной Ассоциации для развития и распространения положительных наук, созданной весной 1917 г. (15) Под его председательством в апреле 1917 г. начало функционировать
Письмо министра народного просвещения графа П.Н. Игнатьева о назначении А.П. Карпинского вице-президентом АН. Подпись
П.Н. Игнатьева. 18 мая 1916 г. СПФ АРАН. Ф.265. Оп.3. Д.1. Л.4.