1949 г. по его инициативе было проведено первое и единственное в истории Академии Общее собрание, посвященное истории науки.

На долю Сергея Ивановича выпало и немало трудностей, связанных с идеологическими компаниями, развернутыми в стране в это время. Это дискуссия по философским вопросам (1947 г.), сессия ВАСХНИЛ (1948 г.), борьба с космополитизмом (1949 г.), дискуссия по вопросам языкознания (1950 г.), «павловская» сессия (1950 г.). Планировалось еще и проведение совещания по борьбе с «физическим идеализмом», но Вавилову удалось добиться ее отмены. Последствия этих дискуссий крайне отрицательно сказались на развитии ряда научных направлений, прежде всего биологии. Были закрыты или реорганизованы некоторые институты и научные журналы. Но высокий авторитет, эрудиция, знание истории науки, огромная выдержка и умение находить компромиссные решения помогли Вавилову отстаивать интересы Академии и науки в целом, сдерживать административно-идеологическое давле-ние и продолжать научную и организационную работу.

Все это происходило на фоне большого личного горя – постоянной памяти о гибели любимого

Вступительное слово и заключительное слово С.И. Вавилова

на сессии Общего собрания АН СССР, посвященной истории отече-ственной науки. Июнь 1948 г. АРАН. Ф.596. Оп.1. Д.202. Л.2, 13, 15.