Постановлением Президиума РАН от 1 июля 2003 г. № 233 утверждены Основные направления фундаментальных исследований Отделения математических наук РАН: 1. Алгебра, теория чисел, математическая логика; 2. Геометрия и топология; 3. Математический анализ; 4. Дифференциальные уравнения и математическая физика; 5. Теория вероятностей и математическая статистика; 6. Вычислительная математика; 7. Математическое моделирование; 8. Теоретическая информатика; 9. Параллельные и распределенные вычисления; 10. Дискретная математика; 11. Системное программирование; 12. Информационные системы; 13. Математические проблемы механики и исследования космоса. Распоряжением Президиума РАН от 22 января 2007 г. № 10103-30 утверждены Основные направления фундаментальных исследований Программы фундаментальных научных исследований РАН на период 2007-2011 годы. В части исследований, проводимых в институтах Отделения математических наук РАН, к ним относятся: 1.1. Современные проблемы теоретической математики. 1.2. Математическая физика, математические проблемы механики, физики и астрономии. 1.3. Вычислительная математика, параллельные и распределенные вычисления. 1.4. Математическое моделирование в науке и технике. 1.5. Современные проблемы дискретной математики и теоретической информатики. 4.6. Архитектура, системные решения, программное обеспечение и информационная безопасность информационно-вычислительных комплексов и сетей новых поколений. Системное программирование.