Борзя, Аргунь, Селенга, озеро Далай-нор; исследования вокруг Иркутска.
1725–1726 из Иркутска по Ангаре в Енисейск; осень и зиму вплоть до февраля 1726 года в Тобольске. Почти полгода готовили экспедиционный груз к обратному пути. После долгих препирательств с местным начальством, погрузив багаж (разного рода коллекции, рукописи, рисунки, приборы, продовольствие — общим весом более 2,5 тонн) на струг, любезно отремонтированный Берингом, строивший здесь в это время корабли для Первой Камчатской экспедиции, Мессершмидт отбыл в обратный путь (через Соликамск и Москву), который занял почти год. В Петербург прибыл в январе 1727 года.
Семилетнее исследование внутренних областей Сибири нашло выражение в разностороннем изучении природы и населения огромного региона: собраны естественноисторические и этнографические коллекции, большая часть которых, к большому сожалению, погибла во время пожара Кунсткамеры (1747). Мессершмидт обнаружил мамонтовы кости в Тобольске и Тюмени на берегах реки Томь и в других местах. Описание части собранных им образцов минералов, металлов и солей вошло в Каталог камней и окаменелостей, созданный И. Гмелиным и М.В. Ломоносовым. Коллекция каменных изваяний эпохи бронзы, собранная Мессершмидтом в Хакасии, и поныне украшает собрание Кунсткамеры. Он первый исследователь «енисейской письменности» древних
