Работу в Центрархиве В.В. Адоратский совмещал с преподавательской деятельностью в МГУ, где с 1922 г. состоял профессором. В мае 1928 г. В.В. Адоратский был назначен заместителем директора Института Ленина. В марте 1930 г. он был назначен директором историко-партийного Института красной профессуры. В связи с этим в сентябре 1930 г. он оставил работу в Центрархиве.
С 1923 г. В.В. Адоратский был действительным членом Института научной философии МГУ – РАНИОН. После объединения в 1928 г. этого Института с философской секцией Комакадемии он был избран действительным членом Института философии Коммунистической академии.
Наиболее известной философской работой В.В. Адоратского осталась его статья о проблеме идеологии в марксизме. В.В. Адоратский прекрасно знал тексты Маркса, в частности положение о «превращённых формах», об идеологическом искажении реальных экономических отношений и классовых интересов в тех или иных надстроечных институтах, в частности – государственно-правовых. Ещё в ходе бесед 1911 г. Ленин обратил внимание В.В. Адоратского на высказывание Маркса «юридически – значит фальшиво». Формулируя положение «марксизм – враг идеологии», В.В. Адоратский выражал классическую позицию марксизма. Исходя из этих посылок, он полагал, что наступило время преодоления идеологии, включая такую её форму, как философская, и замены идеологического мышления научно-практическим.
Будучи безупречной с текстологической стороны, позиция В.В. Адоратского была, однако, уязвимой по существу. Ведь, так или иначе, сам марксизм выступал в качестве идеологии рабочего класса, а мерилом истинности социальной теории признавалось в нём соответствие теоретических положений интересам исторически прогрессивного класса. На этой почве В.В. Адоратский разошёлся с тогдашним лидером советской философии А.М. Дебориным и его сторонниками, справедливо указывавшими, что «в историческом материализме “извращённость” идеологического мышления сама подлежит объяснению».
В.В. Адоратский был одним из первых философов, кто начал превозносить Сталина как «теоретика ленинизма и вождя мирового пролетариата». В декабре 1929 г. в связи с 50-летием Сталина к ведущим философам-марксистам обратились с предложением восславить Сталина как великого философа – классика марксизма. Директор Института Маркса и Энгельса академик Д.Б. Рязанов и директор Института философии академик А.М. Деборин отказались, а В.В. Адоратский предложение принял и выступил в «Известиях» с соответствующей статьёй. Этот шаг предопределил его последующее возвышение и статус формального главы советской философии.
После длительной кампании идеологической травли, занявшей почти весь 1930 год, Д.Б. Рязанов и А.М. Деборин были изгнаны со своих постов, а В.В. Адоратский назначен в 1931 г. директором сразу двух институтов: Института Маркса, Энгельса, Ленина и Института философии. 28–29 марта 1932 г. В.В. Адоратский был избран академиком АН СССР. После введения в 1934 г. учёных степеней ему была присуждена степень доктора исторических наук без защиты диссертации.
В.В. Адоратский был уже пожилым и больным человеком. В той мере, в какой его сил хватало на руководство возглавлявшимися им научными учреждениями, он основное внимание уделял более значимой в партийной иерархии должности директора ИМЭЛ. В Институте философии он выполнял чисто представительские функции.