Основные научные исследования К.И. Скрябина посвящены общей и прикладной гельминтологии. Глубоко и всесторонне изучил морфологию, филогению, систематику
и эпидемиологию гельминтов. Создал по этим направлениям 700 научных работ (фундаментальные труды, учебные и методические пособия). Под руководством Скрябина проведено (частично при его непосредственном участии) 300 экспедиций в различные районы СССР по изучению гельминтов человека и домашних животных, разработке плановых мероприятий, приводящих к резкому снижению инвазий. Он открыл и описал более 200 новых видов и дал обоснование 120 новым родам гельминтов. Ввёл в науку и практику новые прогрессивные принципы и методы работы. Под его руководством была проведена радикальная реформа гельминтологической номенклатуры, разработан и внедрён метод полных гельминтологических вскрытий, разрешена проблема гельминтогеографии на территории СССР. Ввёл в научный оборот понятия: дополнительные и резервуарные хозяева, транзитный паразитизм, симбиопаразитизм, биогельминтозы и геогельминтозы. Разработанные и внедрённые в практику принципы дегельминтизации и девастации служат основой борьбы с гельминтозами человека, сельскохозяйственных животных и растений.
