Немецко-фашистские войска в конце 1941 года захватили г. Пушкин (в 1937 году Царское Село было переименовано в честь А.С. Пушкина), и в 1942 году глобус перевезли в Шлезвиг. После окончания войны глобус некоторое время выставлялся в городе Любеке и в 1947 году наконец вернулся в Ленинград. К тому времени глобус находился в самом плачевном состоянии: были обнаружены четыре пулевых отверстия, детали механизма вращения и внутренней меблировки сильнейшим образом попорчены, живопись наружной поверхности повреждена и во многих местах осыпалась, медные листы, покрывавшие наружную поверхность под холстом с географической картой, имели впадины, нарушены крепления к железному каркасу. На этот раз глобус установили в зале пятого этажа башни Кунсткамеры и к концу 1958 года полностью закончили его восстановление.
После 1958 года глобус дважды реставрировали, причем в последний раз в 2003 году, когда по инициативе Санкт-Петербургского отделения Института Гете его реставрацию финансировало Министерство культуры Германии. В ходе этой реставрации укрепили живописный слой на наружной и внутренней поверхностях глобуса, очистили все латунные детали, а также железные конструкции площадки, стола, скамьи и поворотного механизма. Заменили скамью, изготовленную в 1958 году, очистили внутреннее убранство: заспинные балясины, столешницы и основание внутреннего меридиана. Вместе с реставраторами работали специалисты Пулковской обсерватории, они добавили изготовленные из полированной латуни звезды, которые были утрачены во время вынужденных "путешествий" глобуса.
Большой Готторпский глобус – памятник технической и научной мысли двух народов – немецкого и русского. Подобные глобусы в других странах не сохранились. Россия обладает единственным образцом.
